W pierwotnym zamyśle Zbyszka z Bogdańca miał grać Bogusz Bilewski.
Pierwotnie Emil Karewicz miał wcielić się w rolę księcia mazowieckiego. Reżyser Aleksander Ford zadecydował jednak, że zagra króla Władysława Jagiełłę.
Andrzej Wajda chciał wyreżyserować film, lecz nie otrzymał zgody, przez co opuścił Zespół Filmowy KADR.
W czasie narady w namiocie król Jagiełło (Emil Karewicz) ma na sobie złoty pas. Gdy wychodzi z namiotu, i jest pokazany od tyłu, jego pas znika, by za chwilę pojawić się ponownie.
Po bitwie, w scenie rzucania sztandarów pod nogi króla, złożone zostaje u jego stóp ciało Ulricha von Jungingena na noszach. Lecz po wypowiedzeniu przez Jagiełłę słów: "Oto jest ten, który jeszcze dziś rano mienił się być większym niż wszyscy mocarze", ciało Jungingena znika, ponieważ scena rzucania sztandarów została powtórzona.
W przeciwieństwie do tego, co jest pokazane w filmie, w składzie armii krzyżackiej nie znajdowało się wielu "gości zakonu", czyli rycerzy przybyłych z Europy Zachodniej. Ich liczba była mniejsza niż w poprzednich latach i pochodzili głównie z krajów niemieckojęzycznych.
W przeciwieństwie do tego, co jest przedstawione w filmie, w armii polsko-litewskiej nie było oddziałów piechoty sformowanych jako odrębne jednostki taktyczne i organizacyjne.
W scenie bitwy wielka chorągiew Ziemi Krakowskiej dostaje się w ręce Krzyżaków. W rzeczywistości chorągiew ta upadła na chwilę na ziemię, ale nie ma dowodów, by przechwycili ją rycerze Zakonu.
Pod koniec filmu nieżywa Danuśka jest niesiona na noszach przez drewniany most do Spychowa. Dwóch rycerzy, trzymających nosze z tyłu ma miecze przypięte do pasa z prawej strony. W następnym ujęciu, gdy nosze z Danuśką są kładzione na pomoście, ich miecze są przypięte z lewej strony.
W scenie uczty kniaź Jamont (Roman Wilhelmi) na przemian pojawia się i znika w poszczególnych ujęciach.
Danuśka owija głowę Zbyszka białą chustą, czym ratuje go przed śmiercią z ręki kata. W następnym ujęciu jednak jego głowa jest już całkiem odsłonięta.
Podczas bitwy, gdy jeden z rycerzy krzyżackich pada na ziemię wraz z koniem, przez moment widać na trawie, u dołu ekranu cień kamerzysty.
Przedstawienie w filmie rycerzy w jednakowych zbrojach jest błędem, bo w tamtych czasach każdy rycerz miał inną zbroję. Stąd zwyczaj noszenia herbów rodowych.
W jednej ze scen Maćko z Bogdańca pojawia się ubrany w coś, co wedle słów historyka Szymona Kobylińskiego bardziej przypomina strój kupca weneckiego niż polskiego szlachcica z tamtego okresu.
Podczas uczty na zamku krzyżackim, gdy Fulko de Lorche idzie złożyć skargę Wielkiemu Mistrzowi, ten wita go podniesioną ręką, po czym kładzie ją z powrotem na stół. Po zmianie ujęcia znów trzyma ją w powietrzu.
Gdy król Jagiełło (Emil Karewicz) przygotowuje się do bitwy, tuż przed przyjazdem heroldów krzyżackich, na jego ręce widać zegarek.
Zdjęcia do filmu realizowano w Rywałdzie, Malborku, Starogardzie Gdańskim, Łodzi, na jeziorze Jamertal, nad Jeziorem Godziszewskim, w lesie Szpęgawskim, na zamku w Kwidzyniu, klasztorze Cystersów w Wąchocku oraz okolicach Wolborza (Polska).
Realizacja tego pierwszej polskiej kostiumowej superprodukcji zbiegła się z 550-tą rocznicą bitwy pod Grunwaldem oraz obchodami milenium państwa polskiego. Film był ponadto próbą demonstracji przeciwko polityce Konrada Adenauera, kanclerza Republiki Federalnej Niemiec, kwestionującego zachodnią granicę Polski.
Projektując hełm Dartha Vadera w "Gwiezdnych Wojnach", George Lucas wzorował się na "Krzyżakach".
Do filmu zaprojektowano 18 tysięcy kostiumów.
Specjalnie na potrzeby filmu przewrócono słup wysokiego napięcia znajdujący się na szczycie grunwaldzkiego wzgórza. Spowodowało to odcięcie elektryczności mieszkańcom pobliskiego Tczewa na kilka dni.
W ważniejszych scenach zbiorowych występowało ponad tysiąc statystów w asyście 350 koni. Miasteczko filmowe, gdzie na stałe przebywali, wybudowano w okolicach Starogardu Gdańskiego.
Zdjęcia do filmu rozpoczęły się 3 sierpnia 1959 roku, a zakończyły w marcu 1960 roku.
Film miał największą widownię w historii polskiej kinematografii: 32 315 695 widzów. Było to więcej niż liczba ludności kraju w roku premiery filmu.
Fragmenty "Krzyżaków" pojawiły się w skeczu Monty Pythona o chorobie Henry'ego Thripshawa, w filmie "1409. Afera na zamku Bartenstein", a także w teledyskach piosenek "New Dark Ages" amerykańskiego zespołu Bad Religion oraz "Affliction" francuskiej grupy Fléau.
Brytyjskie wydanie DVD tego filmu z 2006 roku zostało pozbawione scen upadków z konia (łącznie 27 sekund), zgodnie z nakazem Brytyjskiej Rady Klasyfikacji Filmów.
W filmie występuje postać, której nie ma w powieści Henryka Sienkiewicza. Jest to brat królewski, książę Lingwen Semen Olgierdowicz, książę Mścisławia i Nowogrodu Wielkiego, a pod Grunwaldem dowodzący także pułkami smoleńskimi. Sienkiewicz nie pisał o nim, ponieważ w XIX wieku nie wiedziano jeszcze, że Lingwen brał udział w bitwie.
W scenie przed bitwą, gdy posłowie krzyżaccy ofiarowują polskiemu królowi Jagielle dwa nagie miecze, ten krzyżuje je w powietrzu. Emil Karewicz, odtwarzający postać Jagiełły, siedział wówczas tak naprawdę na koźle gimnastycznym z jednej z pobliskich szkół. Próbowano co prawda nakręcić tę scenę z prawdziwym koniem, ale ten płoszył się na dźwięk krzyżowanych mieczy.
Na potrzeby filmu niektórzy aktorzy, np. Mieczysław Kalenik (Zbyszko z Bogdańca) musieli ćwiczyć jazdę konną dwie godziny dziennie przez kilka miesięcy.
Na potrzeby filmu wynaleziono nowy sposób wytwarzania zbroi rycerskiej - ze specjalnego plastiku, zamiast, jak wcześniej, z blachy lub papier-maché.
Film miał tak duży budżet, że za tą samą kwotę (ponad 30 milionów złotych) można było w tym czasie nakręcić od 7 do 11 filmów standardowych.
Używane w filmie topory były tak naprawdę zrobione z gumy. Był to pomysł kierownika produkcji, Zygmunta Króla.
Na potrzeby filmu uszyto w Łodzi sześćdziesiąt chorągwi i flag. Cztery z nich zaginęły w czasie transportu na plan filmowy.
Mieczysław Kalenik grający Zbyszka z Bogdańca podczas kręcenia filmu złamał nogę i występował przed kamerą w gipsie. Ukryto to tak dobrze, że gipsu nie widać nawet, gdy siedział na koniu. Opowiada o tym w wywiadzie z cyklu "Z archiwum Kino Polska: Krzyżacy".